Rektor har det övergripande ansvaret för lärosätet och tillsätts av stiftelsens styrelse. Till stöd har rektor ett kansli och högskolans ledningsgrupp.

Rektorsgruppen

Rektor Agneta Marell

Rektor är Jönköping Universitys chef och främste företrädare. Rektor leder högskolans verksamhet och ansvarar bland annat för att verkställa stiftelsestyrelsens beslut.

Prorektor Mats Jackson

Prorektor är rektors ställföreträdare och tjänstgör i rektors ställe när rektor inte är i tjänst samt att i övrigt ersätta rektor i den utsträckning som rektor bestämmer.

Vicerektor för forskning Lucia Naldi
Vicerektor för utbildning Robert Gunnarsson

Rektor utser vicerektor/-er för begränsade ansvarsområden av strategisk karaktär. Vicerektor har en högskoleövergripande samordnande funktion för sitt område och leder arbetet i det för området inrättade rådet.

Högskoledirektör Eva Gipperth

Högskoledirektör är chef för det högskolegemensamma verksamhetsstödet och vd för Högskoleservice.

Rektorsråd för internationalisering Nerrolyn Ramstrand

Rektorsråd för internationalisering rådger rektor och ledningen i frågor som rör internationalisering.

-----

Ovanstående utgör rektorsgruppen som är en beredande gruppering för högskolans ledningsgrupp.

Högskolans ledningsgrupp
(JU Executive Team, JU EXT)

För beredning av högskolegemensamma frågor och som förankring av förslag som rektor eller stiftelsestyrelsen ska fatta finns en ledningsgrupp som möts varannan vecka. I ledningsgruppen ingår samtliga vd:ar för fackhögskolorna, högskoledirektör (tillika vd för Högskoleservice) och Jönköping University Enterprise samt Studentkårens ordförande.


Agneta Marell, rektor
Mats Jackson, prorektor
Eva Gipperth, högskoledirektör
Marie Ernsth-Bravell, vd Hälsohögskolan 
Marie Öhman, vd Högskolan för lärande och kommunikation
Ingrid Wadskog, vd Tekniska Högskolan
Jerker Moodysson, vd Jönköping International Business School
Johan Palsgård, vd Jönköping University Enterprise
Ordförande Jönköpings Studentkår
Anders Jonzon, kommunikationsdirektör (sekreterare)